São Brás de Alportel em termos florestais pode ser caracterizado em duas zonas distintas, uma a norte e outra a sul do concelho.
O norte do concelho pode ser genericamente caracterizado por maior altitude, aéreas mais declivosas, solos predominantemente xistosos, delgados e por vezes esqueléticos. Assim, a ocupação do solo, nesta zona vulgarmente denominada como serra, é predominantemente florestal, sendo a espécie mais representativa o sobreiro (Quercus suber) frequentemente observado em consociação com outras espécies como medronheiro (Arbutus unedo) e esteva (Cistus ladanifer), entre outras.
A parte sul do concelho é geralmente mais plana, observando-se alguns vales, menores altitudes e solos predominantemente calcários. Esta zona é caracterizada pela ocupação de alfarrobeira (Ceratonia siliqua), que sendo classificada como espécie florestal, está geralmente associada aos sistemas agrícolas dominantes na zona geralmente denominada por barrocal. Assim, encontra-se por vezes em consociação em pomares de sequeiro, com espécies agrícolas como figueiras (Ficus carica), amendoeiras (Prunus dulcis), oliveiras (Olea europea) e zambujeiros (Olea europea var. sylvestris). Outras espécies que encontramos frequentemente nesta aérea são azinheira (Quercus rotundifolia), carrasco (Quercus coccifera) e matos densos, compostos designadamente por tomilho (Thymus sp.), aroeira (Pistacia lentiscus), mariola (Phlomis purpurea), palmeira-anã (Chamaerops humilis), entre outras.
São Brás de Alportel está parcialmente incorporado na Rede Natura 2000, fazendo parte de dois SIC (Sítios de Importância Comunitária):
São Brás de Alportel tem classificada uma azinheira (Quercus rotundifolia) junto à estrada nacional n.º 2 como árvore notável desde 1942. Desafiamos a descoberta deste magnifíco exemplar, símbolo de resiliência, que continua oferecendo sombra à cerca de 3 séculos.